Jiraiya'nın 50 yaşında olmasına rağmen sage gücünü çocuk yaşta narutodan daha iyi kullanamaması.
Naruto'nun çocuk yaşına rağmen bütün naruto evreni ile karşılaştırınca saçma çakra kapasitesine sahip olması.
İlk zamanlarda narutonun gözümüze sokulan hızlı iyileşme yeteneğinin artık gösterilmemesi.
Gözleri keyfekeder şekilde ondan ona nakletmek. (Ne bir dna ne kan uyuşmazlığı)
Lee'nin yıllarca çok çalışmayla gelen insan üstü hız yeteneğine rağmen sasukeye dahi denilip tamamen kas gelişimine bağlı o hızı 1 ay bile doldurmadan geçmesi.
Hayvani derecede güçlü bazı taijutsu odaklı karakterlerin kıçlarının omuzlarından daha geniş olması.
Filler bölümlerde aklın mantığın almayacağı sebep sonuç ilişkilerinden doğan absürd konular.
Animenin başlı başına 78796452346857956746353 bölüm filler içermesi.
Her OVA filmde kötü baş karakterin rasengan ile mağlup edilmesi.
Çoğu karakterin kunai dışında hiçbir kesici silah taşımaması.
Telsiz ya hep kullanılmalıydı yada hiç.
En son filmde zamanda yolculuk gibi bir fenomenin meydana gelmesi.
Bazı Arc'larda habire geçen bölümlerden 5-10 dakika arası sahne ekleyip serinin toplam 134567689487563475 bölüm daha uzamasına dolayısıyla mevcut episode'un seyir süresinin azalmasına neden olunması.
Naruto'nun Klon ve Rasengan türevlerinden başka bir teknik bilmemesi.
Jiraiya'nın rinnengan gözü olan bir çocuğu tutup Konahaya getirmek yerine akabinde eğitip tekrar savaşın göbeğine salması.